住宅を売買・相続した場合、または購入資金の贈与を受けた場合には、さまざまな税金上の優遇措置を受けることができます。では、店舗併用住宅の場合はどのように取り扱われるのでしょうか。
売却した場合
住宅を売却した場合には、3000万円特別控除の適用を受けることができます。さらに、その年1月1日の所有期間が10年を超える場合には、税率が軽減されます。その他、譲渡損失が生じた場合で一定の要件（買い換え、残債等）に該当する場合には、他の所得との損益通算及び翌3年間の繰越控除が認められます。
店舗併用住宅に関してこれらの適用を受けることができるのは、店舗以外の部分に限られます。具体的には、床面積全体（共用部分を除く）を居住用部分と店舗用部分に按分します。ただし居住の用に供する部分が90%以上の場合には、店舗併用住宅全体を住宅とみなすことができます。
購入した場合
住宅購入時に金融機関の融資を受けた場合において一定の要件に該当するときは、住宅借入金等の特別控除（住宅ローン控除）の適用を受けることができ、年末融資残高の1％が税額控除されます。
店舗併用住宅に関しては、居住用部分に関してのみ適用を受けることができます。例えば年末融資残高が2000万円、居住用部分の床面積が180平方メートル（居住割合60％）、店舗用部分が120平方メートルの場合は以下の通りです。
税額控除額：2000万円×60％×控除率1％＝12万円
また、住宅ローン控除の適用を受けるには、以下の条件を満たさなければなりません。
（条件1）
床面積の2/1以上が居住の用に供されていること。
（条件2）
床面積が50平方メートル以上であること。店舗併用住宅の場合は、居住用部分でなく、建物全体の床面積によって判断します。
床面積の判定
床面積は登記簿に記載されている床面積によって判断します。床面積の証明のため、確定申告時には登記事項証明書・請負契約書または売買契約書を提出します。
